Nel 1349 Garegnano era una zona isolata posta nella periferia nord-occidentale di Milano. Fu in quella beata solitudine trecentesca che l’allora arcivescovo e duca di Milano Giovanni Visconti (1290 -1354) vi fondò un luogo di culto e di contemplazione che poco più di un secolo dopo sarà ribattezzata come “la cappella sistina” di Milano, per via dei meravigliosi affreschi e per le numerose opere di pregio artistico che la adornavano. Il complesso certosino, degli antichi fasti conserva alcuni ambienti tra cui la chiesa dalle forme barocche con i suoi meravigliosi affreschi risalenti al Cinquecento e Seicento. Anche la navata ritrae cene e immagini religiose del 1578 dipinte dal maestro di Caravaggio e allievo di Tiziano Simone da Peterzano e gli episodi della vita di San Bruno (fondatore dell’ordine certosino) dipinti da Daniele Crespi intorno al 1630.
La Certosa di Milano o di Garegnano, tanto cara anche allo scrittore e poeta Francesco Petrarca (1304-1374) che in quel luogo vi soggiornò, venne realizzata dal 1352 e consacrata nel 1367 col preciso intento di consentire ai monaci di vivere in ritiro solitario e pregare anche per l'arcivescovo duca Giovanni. A tale scopo, il Visconti la dotò di ampie proprietà terriere e immobiliari, campi, vigne e boschi facenti parte la Pieve di Trenno le cui rendite potevano garantire il sostentamento dei monaci, esentati per volere del duca da ogni tassa e dazio, essendo l'ordine certosino un ordine dedito esclusivamente alla preghiera e alla contemplazione. Nel corso del Trecento, infatti, il nipote di Giovanni, Luchino Visconti fece cospicue donazioni alla fabbrica della certosa perché vi venissero costruiti nuovi altari e ampliamenti di sorta.
Il complesso, dedicato a Santa Maria Assunta, era però inserito all'interno del Bosco della Merlata, una zona all'epoca molto frequentata da briganti e banditi i quali, più volte ne varcarono le mura per compiere razzie. Nel tempo, intorno al 1570, il complesso della certosa fu completamente riedificato sotto la direzione dell'architetto, già a capo della Fabbrica del Duomo, Vincenzo Seregni a cui spettano il Cortile dell'Elemosina, il Cortile d'Onore, il Grande Chiostro, il Chiostro della Foresteria e più in generale la ristrutturazione della chiesa. In tempi successivi, la Prima certosa della Lombardia divenne una delle principali fabbriche ecclesiastiche della Milano rinascimentale, classicista e barocca. La Certosa ospitò anche vari illustri personaggi della vita politica e religiosa del tempo come San Bernardino da Siena, San Carlo Borromeo e Filippo IV di Spagna.
La chiesa venne adeguata al culto pubblico e nella notte di Natale del 1783 divenne a tutti gli effetti Parrocchia del paese di Garegnano che dopo l’Unità d’Italia si aggregò al Comune di Musocco e infine nel 1923 alla città di Milano.